井戸内面（ケーシングパイプ）の汚れを放っておくと、鉄細菌（鉄バクテリア）の発生や目詰まり、ケーシングパイプや揚水管の腐食を早める原因になります。いわば「万病のもと」です。
井戸内面の清掃工法であるブラッシング工（下図左）は、最も基本的な井戸のメンテナンス工法です。またスワッビング工（下図右）は、ブラッシング効果に加えて吸引効果によるスクリーン洗浄を行うものです。ただし井戸管の腐食が進んだ井戸では、井戸管を破損させないためにスワッビングの「手加減」も重要です。
揚水管も、井戸管同様スケールが付着するため、目詰まりや腐食の状態によっては交換の必要があります。
砂が多く出る井戸では、定期的に浚渫
もうひとつ、井戸の浚渫工事には堆積物の除去以外にも重要な役割があります。井戸底の堆積物の種類やその量は、砂の流入のほかに井戸ケーシングの損傷状況（腐食による錆、スクリーン破損による砂利の流入など）をうかがい知る重要な手がかりです。
ブラッシング工と併せて、定期的な実施が有効です。
スクリーンパイプ（井戸の取水部分）の目詰まりが進むと、揚水時の水位が以前よりも低下し揚水量は減少します。それがさらに進み揚水水位が下がりすぎると、スクリーンパイプが空気にさらされてスケール（Scale：水垢等、管内の付着物、堆積物）が発生しやすくなり、大幅な揚水量減少を引き起こします。また、目詰まりによって井戸内への地下水の流入箇所が偏り、砂を呼び込みやすくなります。
井戸管のスクリーンパイプ（取水区間）の維持管理は井戸運用の生命線です。
揚水に伴って砂利が上がってくるなど、スクリーンの損傷が疑われた場合、水中テレビカメラ調査で損傷箇所を確認し、二重ケーシング（下図）等の工事を行い、損傷の拡大を防ぎます。
二重ケーシングは、地下水が井戸へ流入する際の抵抗ともなるため、一般に井戸設置当初の湧出量を下回ります。またスケールによる目詰まりも起こりやすくなるため、その後の定期的な井戸洗浄は不可欠です。
しかしスクリーン破損によって井戸として機能しなくなる、というリスクを回避するためには必要な処置です。
損傷がひどくならないうちに二重ケーシング化できた場合、将来目詰まりした際に、内挿管の交換も可能です。